許多機台遊戲以數個稍微不同的形式存在。例如，Pac-Man（小精靈）最初是日本 Namco 公司釋出的，當時它的名字是 "Puck-Man"。之後 Midway 公司取得授權，並在美國以 "Pac-Man" 的名字發行，之後又以稍微調快速度及不同樣式重新釋出。Pac-Man 的變體使用不同的迷宮、心（取代原先的點）、甚至用食人魚來取代原先的怪物。
在 MacMAME 中，「母版」通常是原創公司發行的最新正式版本，「子版」則是與原始遊戲稍有不同的變體遊戲。子版可能為原型 (prototypes)、盜版 (bootlegs)、專為不同國家發行的地方版、修正錯誤後的更新版本，或其僅是授權予其他公司發行的相同遊戲。
想在 MacMAME 列出某遊戲的所有子版時，請使用遊戲表列上方的下拉選單，選取 "Show Virtual Clones"。選擇 "Attach Clones" 將把子版和母版集合在一起顯示。請按著 Control 不放，同時單擊清單內的遊戲時，可顯示並跳至其母版或子版遊戲上。
MacMAME 以相當聰明的方式處理子版遊戲。如果您有母版的遊戲組合（即一個包含母版遊戲所有 ROM 檔案的 zip 檔）且您想要玩其子版時，子版的 ROM 組合只需包含該子版遊戲的 ROM 檔案（MacMAME 將在母版遊戲的 ROM 組合裡找尋與其母版遊戲相同的部分）。如此您便能節省磁碟空間，因為您並未重複儲存相同的 ROM 檔案。有些網站便以這種僅包含與母版遊戲不同的 ROM 檔案方式散布子版遊戲。此方式的缺點就是您在執行子版遊戲時，亦必須擁有其母版遊戲的 ROM 檔案；這也是許多網站提供完整 ROM 組合，以使它們可在無需母版遊戲的狀況下進行的原因。
另一種方式是用一個 zip 檔（包含了母版以及其所有子版遊戲的 ROM 檔案）代替之，這種方式稱為「併合的 ROM 組合」(merged ROM set)。若您是那種盡可能蒐集最多種 ROM 組合的完美主義者，這樣做比擁有每種個別的子版遊戲更加方便。有些網站就是以這個方式提供 ROM 檔案。假如您有併合的 ROM 組合，則可在 MacMAME 程式視窗的遊戲表列上方的下拉選單裡選擇 "Show Virtual Clones"，此時 MacMAME 將為您顯示哪些子版遊戲是可使用的。
無論如何，當您的母版遊戲 ROM 組合中包含了子版遊戲的 ROM 檔案，並且您也擁有包含母版遊戲 ROM 檔案的子版 ROM 組合時，將有問題產生。此發生於您自不同來源取得 ROM 檔案；其結果將造成您有許多重複的 ROM 檔案而浪費您電腦裡硬碟空間。欲解決此問題，請將子版遊戲的 ROM 檔案併入母版 ROM 組合中。為便於協助您，Reports 標籤裡的 "Analyze Romsets" 按鈕將檢視您的 Roms 檔案夾並產生一份報表，它顯示您全部的 ROM 檔案是分屬於哪個母版及子版，並且將有否重覆或損壞的檔案回報給您。
有二個程式可協助維護您所蒐集的 ROM 組合：'MacMAME Companion' 以及 'MacMAME Utilities'。如果您有 Windows PC，一個名為 'ClrMamePro' 的 Windows 工具程式亦可徹底進行 ROM 組合的排序與清理。
「ROM 稽核」是一份告訴您所擁有的 ROM 組合是否損壞或有不完整情形的報表。欲產生這份報表時，請點選 MacMAME 程式視窗裡的 "Reports" 標籤，然後按下 "Audit ROMs" 鈕，並請勾選 "List problems only" 及 "Suppress warnings for known problems" 二項（除非您想看更詳細的資訊）。另外也請確認不勾選 "Create romset if missing for clones"，而 "Audit Filter" 欄內僅打入一個星號 ("*") 就好，然後按下 "Audit" 按鈕，報表於稍待片刻之後便會產生，如有必要您也可將它存檔。
"Create romset if missing for clones" 項目將於您的 Roms 檔案夾中，為母版遊戲的每一子版製作替身檔案。如此做會浪費磁碟空間，而且如果您曾拷貝 Roms 檔案夾到另一部電腦時會導致問題發生，所以最好將這個項目關閉。欲使 MacMAME 顯示哪些子版遊戲是可玩的，請自 MacMAME 視窗遊戲表列上方的下拉選單裡選取 "Show Virtual Clones"。
"Audit Filter" 欄位可讓您縮小蒐尋的範圍。星號是代用的萬用字元，如果您只打算稽核 Pac-Man 遊戲時，請在這個欄位裡輸入 "pac*"。
"Mini Audit" 讓您判斷您持有特定遊戲的 ROM 檔案是否正確。請選取 MacMAME 視窗中的 "Info" 標籤，然後在下拉選單裡選擇 "Mini Audit"。如果任何表列中的 ROM 檔案有不同於 "good" 的情形，表示您可能需要取得該 ROM 組合的新版本。
右圖的稽核結果，顯示 "Puzzle Bobble / Bust-A-Move" (pbobblen.zip) 遺失了幾個檔案。這幾個遺失的檔案應該是 Neo-Geo BIOS 檔案（請參見上面「BIOS 是什麼？」的說明），解決的方法是將遺失的檔案加入遊戲的 zip 檔案中，或者將它們置於 "neogeo.zip" 檔案中。
ROM 檔案的名稱，通常是依照其原始 ROM 晶片在遊戲電路板上標示的名稱而定。
迷你稽核中出現的錯誤訊息包括：
- Not found: ROM 檔案遺失；遊戲無法執行。
- Bad crc: 雖然存在著 ROM 檔案，但它並沒有 MacMAME 所期待的加總查核 (checksum) 數值。這幾乎代表著您需要取得該遊戲較新版本的 ROM 檔案，俾與這個 MacMAME 版本搭配使用。
- Bad length: 雖然存在著 ROM 檔案，但其檔案大小錯誤，所以它或許是不正確的。
- No good dump exists: 原始的 ROM 晶片內容從未正確地拷入檔案中，您持有的檔案可能是部分或全部損壞的。此表示遊戲可能可以進行，但也可能無法進行。
- No dump exists: 原始的 ROM 晶片從未被拷入檔案中；可能是完整的原始遊戲電路板未被找到。
以上列示的錯誤訊息，紅色表示遊戲完全無法模擬；黃色表示您可以試著模擬該遊戲，但它或許是無法進行的。